Dù ban đầu lấy chiêu bài "Phù Trần diệt Hồ" nhưng thực chất sau đó nhà Minh lại sai lùng bắt con cháu nhà Trần. Sau khi nhà Hồ thất bại và bộ mặt của nhà Minh lộ rõ, các cuộc nổi dậy của dân chúng Đại Việt nổ ra khắp nơi. Giữa năm 1407, nhân dân huyện Đông Lan và Trà Thanh thuộc Diễn Châu nổi dậy phá ngục, giết huyện quan. Trương Phụ và Trần Húc mang quân vào dẹp.

Tại châu Thất Nguyên (Lạng Sơn), dân tộc bản địa lập căn cứ chống quân Minh. Trương Phụ sai Cao Sĩ Văn đi đánh, đến châu Quảng Nguyên (Cao Bằng) thì bị quân khởi nghĩa giết chết. Sau Trương Phụ phái Trình Dương tăng viện mới thắng được.

Tháng 11 năm 1407, Phạm Chấn nổi dậy, lập Trần Nguyệt Hồ - một người tự xưng là tông thất nhà Trần - làm vua ở Bình Than. Tuy nhiên chỉ sau một thời gian ngắn, Trần Nguyệt Hồ bị bắt, Phạm Chấn trốn thoát và gia nhập cuộc khởi nghĩa do Trần Triệu Cơ phát động.

Tại châu Hạ Hồng, phủ Tân An, Trần Nguyên Tôn nổi dậy chống quân Minh nhưng nhanh chóng bị đánh bại. Nguyên Tôn cũng tụ tập lực lượng còn lại lui về vùng Ninh Bình ngày nay theo lực lượng của Trần Triệu Cơ.

Ngày 2 tháng 10 năm 1407, Thổ hào Thiên Trường Trần Triệu Cơ lập Nhật Nam Quận vương Trần Ngỗi (là con vua Trần Nghệ Tông, em vợ vua Hồ Quý Ly) lên làm vua ở Mô Độ, lấy theo hiệu cũ là Giản Định Đế. Từ đây, các lực lượng nổi dậy khởi nghĩa có một trung tâm lãnh đạo thống nhất và chính thống.